Bali United berdiri tahun 1989 dengan nama Putra Samarinda Football Club.
Putra Samarinda berlaga di Galatama dan kemudian menjadi Liga Indonesia sejak kompetisi resmi itu bergulir musim 1994/1995.
Pada tanggal 17 Juni 2019, Bali United menjadi klub pertama yang memiliki saham go public di Asia Tenggara dan kedua di Asia.