BOS diprioritaskan untuk biaya operasional non personal, meskipun dimungkinkan untuk membiayai beberapa kegiatan lain yang tergolong dalam biaya personil dan biaya investasi.
Tujuan umum program BOS untuk meringankan beban masyarakat terhadap pembiayaan pendidikan dalam rangka wajib belajar sembilan tahun yang bermutu.