Tugas dan wewenang Bapekan dimuat dalam Bab II dan III Peraturan Presiden No. 1 tahun 1959.
Pada akhir Juli 1960, Bapekan menerima 912 pengaduan dari masyarakat. Dari jumlah itu, Bapekan menyelesaikan 402 pengaduan.
Surat pengaduan paling banyak datang dari Jawa Timur. Kalimantan Timur dan Irian Barat menjadi daerah yang tak pernah mengirim surat pengaduan sebagaimana tertulis dalam Laporan Rahasia Bapekan kepada Presiden 20 Juli 1960.
Jumlah dipastikan bertambah. Surat pengaduan terus berdatangan tak ada habisnya hingga Desember 1960.
Bapekan dibubarkan pada 5 Mei 1962 saat sedang menangani dugaan-dugaan korupsi terkat pembangunan sarana olahraga untuk Asian Games 1962.