Dalam melaksanakan tugasnya, Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional menggunakan unit organisasi dan sumber daya di lingkungan Badan Perencanaan Pembangunan Nasional.
Kementerian PPN/Bappenas berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional dipimpin oleh seorang Menteri yang juga menjabat sebagai Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional.
Sejak 2016 Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional/Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional dijabat oleh Bambang Brodjonegoro.