Dinas Bina Marga Provinsi Jakarta dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 12 tahun 2014 tentang Organisasi Perangkat Daerah.
Sebelum tahun 2015, urusan bina marga dan urusan tata air di Provinsi DKI Jakarta ditangani oleh satu dinas yaitu Dinas Pekerjaan Umum Provinsi DKI Jakarta.
Dinas Bina Marga Provinsi DKI Jakarta dipimpin oleh seorang Kepala Dinas (Eselon II) yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah dimana dalam melaksanakan tugas dan fungsinya dikoordinasi oleh asisten Pembangunan dan Lingkungan Hidup.