BPTJ mempunyai tugas untuk mengembangkan, mengelola, dan meningkatkan palayana transportasi secara terintegrasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi dengan menerapkan tata kelola organisasi yang baik.
BPTJ juga memiliki fungsi mengkoordinasi dan sinkronisasi penyusunan rencana umum dan rencana program kegiatan Kementerian/Lembaga dan Pemerintah Daerah dalam rangka pengembangan dan peningkatan pelayanan transportasi yang terintegrasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi berdasarkan rencana induk transportasi perkotaan Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi, dll.