Perusahaan Citilink berdiri tahun 2001 sebagai Unit Bisnis Strategis (SBU) dan difungsikan sebagai salah satu alternatif penerbangan bertarif rendah di Indonesia.
Sejak tanggal 30 Juli 2012 Citilink secara resmi beroperasi sebagai entitas bisnis yang terpisah dari Garuda Indonesia setelah mendapatkan Air Operator Certificate (AOC).
Citilink beroperasi dengan 17 pesawat dengan logo, tanda panggil dan seragam baru.
Pada Juli 2012, Citilink melayani 9 tujuan domestik yang menghubungkan Jakarta ke Surabaya, Denpasar, Medan, Banjarbaru, Balikpapan dan Batam.