Meskipun lembaga pemasyarakatan tempat pembinaan untuk narapidana, akan tetapi tidak luput dari kritikan. Yang mana lembaga pemasyarakatan mendapat kritik atas perlakuan terhadap para narapidana.
Pada tahun 2006, hampir 10% di antaranya meninggal dalam lapas. Sebagian besar napi yang meninggal karena telah menderita sakit sebelum masuk penjara, dan ketika dalam penjara kondisi kesehatan mereka semakin parah karena kurangnya perawatan, rendahnya gizi makanan, serta buruknya sanitasi dalam lingkungan penjara.
Dilihat dari jumlah penghuni lapas pada tahun 2005, jumlah penghuni Lapas di Indonesia mencapai 97.671 orang, lebih besar dari kapasitas hunian yang hanya untuk 68.141 orang. Maraknya peredaran narkoba di Indonesia juga salah satu penyebab terjadinya kelebihan kapasitas pada tingkat hunian Lapas.