López Obrador adalah presiden PRD dari 2 Agustus 1996 hingga 10 April 1999.
López Obrador mendapat perhatian nasional ketika pada 1996 ia muncul di layar televisi nasional dengan baju berlumuran darah setelah bentrokan dengan petugas penegak hukum.
Ia ikut serta memblokade sumur-sumur minyak Pemex dengan klaim bahwa ia bersama sejumlah demonstran lainnya mempertahankan hak-hak masyarakat Indian setempat yang dirugikan oleh polusi.