Tugas dan fungsi Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) adalah mencegah masuk dan keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah (melalui kegiatan surveilans epidemiologi, kekarantinaan, pengendalian dampak kesehatan lingkungan), pelayanan kesehatan, pengawasan Obat, Makanan, Kosmetika, Alat Kesehatan dan Bahan Adiktif (OMKABA) serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara. Menjadi tugas Kementerian Kesehatan untuk membekali sumber daya manusia di KKP untuk melaksanakan tugas pokok dan fungsinya dengan kemampuan dan keterampilan yang memadai.
