Pada tahun 1974, Mohammad Jafar Hafsah telah berkarier di Dolog dengan jabatan sebagai Kepala Seksi Quality Control Dolog Sulawesi Selatan (Sulsel).
Dengan kemapuan dan kepiawaiannya dalam menjalankan tugas telah menghantarkan MJH menjadi Kepala Pusat Pengembangan Usaha dan Hubungan Kelembagaan, Badan Agribisnis Departemen Pertanian (1994-1997) dan meninggalkan Dolog.
Diumur 48 tahun, MJH telah mencapai jenjang karier puncak birokrasi yaitu Eselon 1 sebagai Sekretaris Badan Pengendali Bimas (1997-2000), kemudian menjadi Staff Ahli Menteri Pertanian Bidang Peragangan Kerjasama Internasional (2000-2001), Staff Ahli Menteri Pertanian Bidang Lingkungan dan Pengembangan Wilayah Pertanian (2001-2002). Dan ia menjabat sebagai Direktur Jenderal Bina Produksi Tanaman Pangan (2002-2005).