Pada awalnya Bandara Depati Amir bernama Pelabuhan Udara Pangkal Pinang yang dibangun sejak penjajahan Jepang tahun 1942 sebagai pertahanan dari serangan tentara sekutu.
Sejak 1 Januari 2007, Bandara Depati Amir diserahkan pengelolaannya kepada sebuah BUMN yang membidangi pengelolaan beberapa bandara di wilayah barat Indonesia, yaitu PT. Angkasa Pura II (Persero).
Sejak 1 Januari 2013 pengelolaan ruang udara pada Bandara Depati Amir beralih kepada Perum Lembaga Penyelenggara Pelayanan Navigasi Penerbangan Indonesia atau yang juga dikenal dengan AirNav Indonesia.