Kabupaten Kepulauan Yapen adalah salah satu kabupaten yang berada di provinsi Papua, Indonesia. Ibu kotanya adalah Kota Serui.
Kabupaten ini dahulu bernama Kabupaten Yapen Waropen, yang dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1969 tentang Pembentukan Provinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-kabupaten Otonom di Provinsi Irian Barat.Pada 2021 jumlah penduduk Kepulauan Yapen berjumlah 114.210 jiwa, dengan kepadatan 47,00 jiwa/km².