Di saat Indonesia telah mendapatkan kemerdekaannya, bea cukai ini dibentuk kembali pada Oktober 1946 dengan sebutan Pejabatan Bea dan Cukai.
Selain itu, tugasnya pun kembali berubah seperti awal yang melakukan pungutan bea dan cukai.
Mulai dari situ, lembaga bea cukai tersebut mengalami dua kali perubahan.
Pada 1948 disebut dengan nama Jawatan Bea dan Cukai. Setelah tahun 1965 hingga saat ini, diubah namanya menjadi menjadi Direktorat Jendral Bea dan Cukai (Ditjen Bea Cukai).