Kepala BIN sejak 9 September 2016 adalah Jenderal Polisi Budi Gunawan.
Badan Intelijen Negara cikal-bakalnya ada di masa pendudukan Jepang, tahun 1943. Pada masa itu, Jepang mendirikan versi lokal lembaga intelijen yang terkenal dengan sebutan Sekolah Intelijen Militer Nakano.
Mantan tentara Pembela Tanah Air (PETA), Zulkifli Lubis, merupakan lulusan sekaligus Komandan Intelijen pertama kaum republikan.